北京大學深圳醫(yī)院原名“深圳市中心醫(yī)院”，于1999年底建成開業(yè)，是深圳市政府投資建成的現代化綜合性醫(yī)院。

2001年9月，深圳市政府與北京大學、香港科技大學合作，

醫(yī)院更名為“北京大學深圳醫(yī)院”和“北京大學深圳臨床醫(yī)學院”，納入北京大學附屬醫(yī)院管理體系。

北京大學深圳醫(yī)院開設52個臨床醫(yī)技科室，其中1個國家級合作重點學科、8個省級臨床重點醫(yī)學?？?、1個省級重點實驗室、8個市級重點學科及實驗室。北京大學深圳醫(yī)院有在崗員工2112人，其中擁有副主任醫(yī)師以上職稱的高級技術人才681名，碩士以上學位人員535名，有海外留學經歷人員112名。